a) Monographien:

Das Ende der Entente cordiale, Eine Studie zur Entwicklung der englisch-französischen Beziehungen während des Westfeldzuges 1940, Frankfurt a. M. 1956 (= Beiheft 3 der Wehrwissenschaftlichen Rundschau),

Das Heer und Hitler, Stuttgart 1969, 2.unveränd. Auflage 1988 (mit einem Nachwort zum Forschungsstand),

General Ludwig Beck. Studien und Dokumente zur politisch-militäri­schen Vorstellungswelt und Tätigkeit des Generalstabschefs des deutschen Heeres 1933- 1938, Boppard a. Rhein 1980 (= Schriften des Bundesarchivs Bd. 30),

Der deutsche Widerstand und das Ausland, Berlin 1986 (= Beiträge zum Widerstand 1933-1945, Heft 29),

Armee, Politik und Gesellschaft in Deutschland, Paderborn 1979, 4. Aufl. 1985, engl. Übers. Manchester 1987,
 
Armee und Drittes Reich 1933-1939. Darstellung und Dokumentation, Paderborn 1987,  2. Auflage 1989,

Adenauer and de Gaulle - de Gaulle and Germany: A Special Relationship ( The Konrad Adenauer Memorial Lecture 1992 ), ed. by St. Antony's College, Oxford 1992,

Generaloberst Ludwig Beck – eine Biographie, Paderborn 2008, 2. durchges. Aufl. 2009,

b) Mitverfasserschaft:

Hans-Adolf Jacobsen unter Mitarbeit von Klaus-Jürgen Müller, Dünkirchen. Ein Beitrag zur Geschichte des Westfeldzuges 1940, Neckarsgmünd 1958,

Jean-Paul Cahn et Klaus-Jürgen Müller, La République fédérale et la guerre d’Algérie, Paris 2003 (éd. Felin).

c) Herausgeber:
 

L'Allemagne et le Probleme de la Securite 1919-1939, Paris 1989,
(= Sondernummer von "Guerres Mondiales et Conflits Contemporains" No. 154),

Der deutsche Widerstand (= UTB 1398) Paderborn 2.Aufl. 1990,

The Military in Politics and Society in France and Germany in the XXth Century, Oxford 1995

d) Mitherausgeber:
 

Napoleon I. und das Militärwesen seiner Zeit, Freiburg i.Br. 1968, [ zus.mit Wolfgang v. Groote],

Militär und Militarismus in der Weimarer Republik, Düsseldorf 1978, [zusammen mit Eckardt Opitz],

Machtbewußtsein in Deutschland am Vorabend des Zweiten Weltkrieges, Paderborn 1984, [zus. mit Franz Knipping],

Culture,Religion et Politique - Aspects des Relations Franco-Allemandes 1930-1955, Textes réunis et publiés par J.Bariéty et K.- J. Müller
(= Sondernummer der Revue d'Allemagne, tome XXIII, no.4, octobre-décembre 1991),

Großbritannien und der deutsche Widerstand, Paderborn 1994 [zus. mit David N. Dilks],

Über Frankreich nach Europa. Frankreich in Geschichte und Gegenwart, Hamburg 1994 (= BDEG, Beiträge zur deutschen und europäischen Geschichte, ed. Arnold, Gruner, Krüger, Band 10), [ zus. mit Wolf D. Gruner],

Aus der Ohnmacht zur Bündnismacht. Das Machtproblem in der Bundesrepublik Deutschland 1945-1960, Paderborn 1995 [zus. mit Franz Knipping],

Les Tiers dans les relations franco-allemandes – Dritte in den deutsch französischen Beziehungen, München 1996 [zus. mit Christian Baechler],

L’Allemagne et la Décolonisation française. Actes du Colloque de l’Université de Paris XII, Créteil, 18 au 20 mars 1999, Textes réunis et publiés par Klaus-Jürgen Müller et Jean-Paul Cahn, (= Sondernummer der Revue d’Allemagne et des pays de langue allemande, juillet-décembre 1999),

e) Ausgewählte Aufsätze (seit 2000) :
 

La Nouvelle Historiographie de la campagne de 1940, in: Maurice Maurice Vaïsse, Mai-Juin 1940: Défaite française-victoire allemande, sous l’oeil des historiens étrangers, Paris 2000, S. 23-28,

Kriegsausbruch 1939. Der Wille zum Krieg und die Krise des internationalen Systems, in: Wie Kriege entstehen. Zum historischen Hintergrund von Staatenkonflikten, hg. von Bernd Wegner, Paderborn 2000, S. 253 – 282,

Außenpolitische Traditionen des deutschen Nationalstaates und die Wiedervereinigung, in: Nation und Europa. Studien zum internationalen Staatensystem im 19. und 20. Jahrhundert, hg. von Gabriele Clemens
(= Festschrift für Peter Krüger), Stuttgart 2001, S. 331 – 347,

Des Armées française et allemande après les deux guerres mondiales, in: De la Guerre à la Paix,s/dir. de Maurice Vaïsse, CEHD, éd. Économia 2001, S. 123 – 138,

Der Algerienkrieg, in: Afrika-Lexikon hgg. von Emmanuel Mabé und Leonhard Harding u.a., Stuttgart und Weimar 2002,

Militär im Bismarck-Reich 1871-1890, in: L’Empire allemand de l’Unité du Reich au Départ de Bismarck 1871-1890, Collectif coordonné par Jean - Paul Cahn, Bernard Poloni et Gerard Schneilin, Paris 2002, S. 106 – 120,

"Faschismus“ in Frankreichs Dritter Republik?, in: Demokratie in Deutschland und Frankreich 1918 – 1933/40. Beiträge zu einem historischen Vergleich, hg. von Horst Möller und Manfred Kittel, München 2002, S. 91 – 130,

Die bewaffnete Macht - Die Reichswehr, in: Landeszentrale für pol. Bildung Bayern (Hg.), Die Anfänge der braunen Barbarei, München 2004, S. 83 – 99,

Militär und Gesellschaft in Frankreich und Deutschland 1945 – 1963, in: Wandel und Integration. Deutsch – französische Annäherung der fünfziger Jahre. Mutations et intégration. Les rapprochements franco-allemands dans les années cinquants, hg. von Hélène Miart-Delacroix und Rainer Hudemann, München 2005, S. 201 – 210,

Der Algerienkrieg – Katastrophe für Paris, Herausforderung für Bonn, in : Wolfgang Krieger (Hg.), Und keine Schlacht bei Marathon. Große Ereignisse und Mythen der europäischen Geschichte, Stuttgart 2005, S. 271 – 291,

Officiers et la Résistance en Allemagne, in: Les Résistances – Miroir des régimes d’oppression Allemagne – France – Italie, Actes du Colloque de Besançon organisé du 24 au 26 septembre 2003 sous la direction de François Marcot et Didier Musiedlak, Besançon 2006, S. 307-320,

Militaires et Pouvoir en France et en Allemagne au XXe Siècle. Quelques réflexions sur une approche comparative, in : Cahiers du CEHD No 26 (2006), S. 13-20.

Bonn zwischen Paris und den Arabern. Die Bundesrepublik und der Algerienkrieg 1954 – 1962. in: Liber amicorum für Gerrit Winter, Karlsruhe 2007, S. 51-61,

Reflexionen zum Thema Militär und Machtstrukturen in Deutschland und Frankreich im 19. und 20. Jahrhundert, in: Stefan Fisch u.a. (Hg.), Machtstrukturen im Staat in Deutschland und Frankreich ,
München 2007, S. 98-116 (= Schriftenreihe des deutsch-französischen Historikerkomitees Bd 1),

Konträre Haltungen: Ludwig Beck und Franz Halder. Eine Parallelskizze, in: DAMALS, 2008, S. 22-27,

Hamburgs „französische“ Katholiken, in: Tour de France. Festschrift für Rainer Hudemann, hg. von Dietmar Hüser u.a., Steiner Verlag München 2008, S. 201-208,

Militär, Politik und Staat im Denken Ludwig Becks, in: Jahrbuch der Clausewitz-Gesellschaft 2009, Hamburg 2009, S. 251-267